Делал такой, все обычно.
Читаешь флешь в work-mode,
стираешь флешь в work-mode,
переводишь в boot-mode (отпаиваешь резик от reset и подаешь (+) через 10к)
пишешь в boot-mode флешь обратно, при этом стирается еепром.
если запись не идет ( было разок) , пишешь флешь по UART